Adanya Undang-Undang No. 22 tahun 1999 tentang otonomisasi daerah, berimplikasi pada perubahan sistem di berbagai bidang termasuk bidang pendidikan
. Seiring dengan meningkatnya tuntutan masyarakat terhadap perbaikan kinerja instansi pemerintah, khususnya di bidang pendidikan telah muncul berbagi persoalan, seperti rendahnya kualitas tenaga pendidik dan kependidikan, adanya kesenjangan mutu pendidikan antara pusat dan daerah, maupun antara daerah. Untuk mengatasi persoalan pendidikan tersebut, pemerintah memandang perlu adanya suatu badan atau lembaga yang dapat berperan melakukan penjaminan mutu pendidikan di daerah yang berstandar nasional. Menjawab permasalahan tersebut, maka Departemen Pendidikan Nasional segera menyesuaikan semangat otonomisasi di lingkungan Departemen Pendidikan Nasional dengan melakukan perubahan tugas dan fungsi Balai Penataran Guru (BPG) menjadi Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan (LPMP) Dasar dan Menengah. Perubahan fungsi Balai Penataran Guru (BPG) menjadi Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan disesuaikan dengan PP.No. 25 tahun 2002 tentang kewenangan pemerintah pusat dan provinsi sebagai daerah otonom. Dalam PP. No 25 tahun 2002 tersebut, pada butir 11 pasal 2 telah diatur kewenangan pemerintah pusat di bidang pendidikan yaitu meliputi penetapan standar kompetensi siswa dan warga belajar, pengaturan kurikulum nasional, penilaian hasil belajar secara nasional, dan pedoman pelaksanaannya. Pada tanggal 4 Juli 2003 Menteri Pendidikan Nasional A. Malik Fajar membuat sebuah keputusan No. 087/0/2003 tentang Lembaga Penjamin Mutu Pendidikan yang kemudian diperbaharui dengan SK No. 044/0/2004, tentang organisasi dan tata kerja Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan yang berlaku hingga sekarang. Berdasarkan SK No. 044/0/2004 tersebut, secara resmi Balai Penataran Guru (BPG) berubah menjadi Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan. Sejarah perjalanan BPG yang berubah menjadi LPMP Sampai dengan saat ini telah mengalami lima kali pergantian kepemimpinan. Adapun periode kepemimpinan dari Kepala BPG sampai dengan Kepala LPMP yaitu :
1. Drs. Demianus Tatipata 1981 – 1987 Kepala BPG
2. Dra. Anna Petronella Frans 1987 – 1997 Kepala BPG
3. Fredik Telussa, BA 1997 – 1998 Kepala BPG
4. Asriani Dano Sulaiman 1998 – 2002 Kepala BPG
5. Drs. Moh. Yasin Payapo 2002 – 2012 Kepala BPG - LPMP
6. Drs. La Ode Safihu, M.Pd 2013 – 2017 Kepala LPMP
7. Achli A. Jasim, SP., MH. 2018 – 2022 Kepala LPMP
8. Drs. La Ode Safihu, M.Pd. 2022 – 2024 Kepala BPMP
Melalui Peraturan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Besar Penjaminan Mutu Pendidikan dan Balai Penjaminan Mutu Pendidikan, LPMP bertransformasi menjadi BPMP. BPMP merupakan unit pelaksana teknis Kementerian Pendidikan Dasar dan Menengah yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Pendidikan Anak Usia Dini, Pendidikan Dasar, dan Pendidikan Menengah. Adapun kepemimpinan Kepala BPMP sekarang yaitu :
1. Aisun Hasan, S.Psi., M.A. 2024 - sekarang , Kepala BPMP